Il Protocollo "Trasporti" persegue l'obiettivo di garantire una mobilità sostenibile per la regione alpina, tollerabile per l'uomo, la flora e la fauna. Per il suo raggiungimento dovrà essere incentivato l'uso di mezzi di trasporto ecologici, soprattutto grazie al miglioramento degli assi ferroviari transalpini. Inoltre, in linea di principio non saranno costruite "nuove strade transalpine di grande comunicazione" e troverà applicazione il principio della verità dei costi.